Еще вариант сэкономить - это купить билет до Минска, а там пересесть на местную электричку Минск-Вильнюс. Насколько мне помнится, они курсируют порядка 4 раз в день в каждом направлении и путь занимает около 3-4 часов. До Минска можно доехать по СНГвским тарифам, иначе говоря, рублей за 350-400 из Москвы (плацкарт), потом еще $5-7 за электричку до Вильнюса. Всего такая поездка обойдется не более, чем в $20 в одну сторону на человека.
Точно так же можно выбираться и назад. Автобусом/электричкой из Вильнюса в Минск, а потом любым поездом из Минска в Москву.